Haploview - Haploview
Haploview - это широко используемое программное обеспечение для биоинформатики, которое предназначено для анализа и визуализации паттернов неравновесия по сцеплению (LD) в генетических данных. Haploview также может проводить исследования ассоциаций, выбирая SNP тегов и оценивая частоты гаплотипов . Haploview разработан и поддерживается лабораторией доктора Марка Дейли в Массачусетском технологическом институте / Гарвардском институте Броуда .
В настоящее время Haploview поддерживает следующие функции:
- Анализ LD и гаплотипических блоков
- Оценка частоты популяции гаплотипов
- Тесты на ассоциацию одиночных SNP и гаплотипов
- Перестановочное тестирование значимости ассоциации
- Реализация алгоритма выбора SNP Tagger tag Пола де Баккера
- Автоматическая загрузка данных поэтапного генотипа из HapMap
- Визуализация и построение результатов ассоциации всего генома PLINK, включая расширенные параметры фильтрации
Рекомендации
- ^ Барретт JC; Fry B .; Maller J .; Дэйли MJ (2005). «Haploview: анализ и визуализация карт LD и гаплотипов» . Биоинформатика . 21 (2): 263–5. DOI : 10.1093 / биоинформатики / bth457 . PMID 15297300 .
- ^ де Баккер П.И.; Еленский Р .; Pe'er I .; Габриэль СБ; Дэли MJ; Альтшулер Д. (2005). «Эффективность и мощность в исследованиях генетических ассоциаций». Генетика природы . 37 (11): 1217–23. DOI : 10.1038 / ng1669 . PMID 16244653 .