Треониновая протеаза - Threonine protease
Треониновая протеаза | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||
Условное обозначение | Thr | ||||||
|
Треониновые протеазы представляют собой семейство протеолитических ферментов, содержащих остаток треонина (Thr) в активном центре. Членами-прототипами этого класса ферментов являются каталитические субъединицы протеасомы , однако ацилтрансферазы конвергентно эволюционировали с такой же геометрией и механизмом активного центра .
Механизм
Треониновые протеазы используют вторичный спирт своего N-концевого треонина в качестве нуклеофила для проведения катализа. Треонин должен быть N-концевым, поскольку концевой амин того же остатка действует как общее основание , поляризуя упорядоченную воду, которая депротонирует спирт, увеличивая его реакционную способность как нуклеофила.
Катализ происходит в два этапа:
- Сначала нуклеофил атакует субстрат с образованием ковалентного промежуточного ацил-фермента , высвобождая первый продукт.
- Во-вторых, промежуточный продукт гидролизуется водой для регенерации свободного фермента и высвобождения второго продукта.
- В орнитина ацилтрансферазы , вместо воды, субстрат орнитин (акцептор) выполняет вторую нуклеофильную атаку и так листьев с ацильной группой.
Классификация и эволюция
Пяти семей , принадлежащие к двум отдельным надсемейство в настоящее время признаны: НТНА раз протеосом (надсемейство PB) и DOM раз орнитин ацилтрансфераза (надсемейство ПЭ). Два суперсемейства представляют собой две независимые конвергентные эволюции одного и того же активного сайта.
Надсемейство | Треонин протеазы семей | Примеры |
---|---|---|
Клан PB | Т1, Т2, Т3, Т6 | протеасома архей , бета-компонент ( Thermoplasma acidophilum ) |
Клан PE | T5 | орнитин ацетилтрансфераза ( Saccharomyces CEREVISIAE ) |
Смотрите также
- Протеаза
- Фермент
- Протеолиз
- Каталитическая триада
- Конвергентная эволюция
- Карта протеолиза
- Ингибитор протеазы (фармакология)
- Ингибитор протеазы (биология)
- TopFIND - база данных специфичности протеаз, субстратов, продуктов и ингибиторов
- MEROPS - база данных эволюционных групп протеаз