Домен SH3 - SH3 domain

SH3 домен
1shg SH3 domain.png
Ленточная диаграмма домена SH3, альфа-спектрин, от курицы (код доступа PDB 1SHG), окрашенная от синего (N-конец) до красного (C-конец).
Идентификаторы
Условное обозначение SH3_1
Pfam PF00018
Клан пфам CL0010
ИнтерПро IPR001452
УМНЫЙ SM00326
ПРОФИЛЬ PS50002
SCOP2 1ШФ / СФЕРА / СУПФАМ
CDD cd00174

SRC Гомология 3 домен (или SH3 домен ) представляет собой небольшой домен белка около 60 аминокислотных остатков. Первоначально SH3 был описан как консервативная последовательность в вирусном адапторном белке v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и нескольких цитоплазматических тирозинкиназ, таких как Abl и Src . Он также был идентифицирован в нескольких других семействах белков, таких как: киназа PI3 , белок , активирующий ГТФазу Ras , CDC24 и cdc25 . Домены SH3 обнаружены в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет , белке Ras , киназе Src и многих других. Белки SH3 взаимодействуют с адапторными белками и тирозинкиназами. Белки SH3, взаимодействуя с тирозинкиназами, обычно связываются далеко от активного центра . Приблизительно 300 SH3 доменов обнаружены в белках, кодируемых в геноме человека. В дополнение к этому, домен SH3 отвечал за контроль межбелковых взаимодействий в путях передачи сигнала и регулирование взаимодействий белков, участвующих в передаче сигналов в цитоплазме.

Состав

Домен SH3 имеет характерную бета-бочкообразную складку, которая состоит из пяти или шести β-нитей, расположенных в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов . Линкерные области могут содержать короткие спирали. Складка SH3-типа - это древняя складка, обнаруженная как у эукариот, так и у прокариот.

Связывание пептидов

Классический домен SH3 обычно находится в белках, которые взаимодействуют с другими белками и опосредуют сборку специфических белковых комплексов, обычно через связывание с богатыми пролином пептидами в их соответствующих партнерах по связыванию. Классические домены SH3 ограничены у человека внутриклеточными белками, хотя небольшое семейство внеклеточных белков MIA человека также содержит домен с SH3-подобной складкой.

Многие SH3-связывающие эпитопы белков имеют консенсусную последовательность, которая может быть представлена ​​как регулярное выражение или короткий линейный мотив : 

-X-P-p-X-P-
 1 2 3 4 5

причем 1 и 4 представляют собой алифатические аминокислоты, 2 и 5 всегда и 3 иногда являются пролином. Последовательность связывается с гидрофобным карманом домена SH3. Совсем недавно были описаны домены SH3, которые связываются с основным консенсусным мотивом RxxK. Примерами являются C-концевые домены SH3 адаптерных белков, таких как Grb2 и Mona (также известные как Gads, Grap2, Grf40, GrpL и т. Д.). Появились и другие связывающие SH3 мотивы, которые все еще появляются в ходе различных молекулярных исследований, подчеркивая универсальность этого домена.

SH3 интерактомы

Сети белок-белковых взаимодействий, опосредованные доменом SH3, т. Е. SH3-интерактомы, показали, что SH3-интерактом червя похож на аналогичную дрожжевую сеть, потому что он значительно обогащен белками, играющими роль в эндоцитозе. Тем не менее, ортологичные взаимодействия, опосредованные доменом SH3, сильно изменяются между червями и дрожжами.

Белки с доменом SH3

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Поусон Т, Schlessingert J (июль 1993). «Домены SH2 и SH3». Текущая биология . 3 (7): 434–42. DOI : 10.1016 / 0960-9822 (93) 90350-W . PMID  15335710 . S2CID  53273571 .
  2. ^ Mayer BJ (апрель 2001). «Домены SH3: сложность в умеренности». Журнал клеточной науки . 114 (Pt 7): 1253–63. PMID  11256992 .
  3. ^ Музакие А, Т Gibson, ЛЕХТ В.П., Сараст М (июль 1992). «SH3 - богатый белковый домен в поисках функции» . Письма FEBS . 307 (1): 55–61. DOI : 10.1016 / 0014-5793 (92) 80901-R . PMID  1639195 . S2CID  8564342 .
  4. ^ Mayer BJ, Балтимор D (январь 1993). «Сигнализация через домены SH2 и SH3». Тенденции в клеточной биологии . 3 (1): 8–13. DOI : 10.1016 / 0962-8924 (93) 90194-6 . PMID  14731533 .
  5. ^ Pawson T (февраль 1995). «Белковые модули и сигнальные сети». Природа . 373 (6515): 573–80. DOI : 10.1038 / 373573a0 . PMID  7531822 . S2CID  4324726 .
  6. ^ Шлезингер J (февраль 1994). «Сигнальные белки SH2 / SH3». Текущее мнение в области генетики и развития . 4 (1): 25–30. DOI : 10.1016 / 0959-437X (94) 90087-6 . PMID  8193536 .
  7. Перейти ↑ Koch CA, Anderson D, Moran MF, Ellis C, Pawson T (май 1991). «Домены SH2 и SH3: элементы, которые контролируют взаимодействия цитоплазматических сигнальных белков». Наука . 252 (5006): 668–74. DOI : 10.1126 / science.1708916 . PMID  1708916 .
  8. ^ Whisstock JC, Lesk AM (апрель 1999). «Домены SH3 в прокариотах». Направления биохимических наук . 24 (4): 132–3. DOI : 10.1016 / s0968-0004 (99) 01366-3 . PMID  10322416 .
  9. ^ а б Синь, Сяофэн; Гфеллер, Дэвид; Ченг, Джеки; Тоникян, Раффи; Солнце, Линь; Го, Айлань; Лопес, Лианет; Павленко, Алевтина; Акинтоби, Аденреле (01.01.2013). «Интерактом SH3 сохраняет общую функцию по сравнению с конкретной формой» . Молекулярная системная биология . 9 : 652. DOI : 10.1038 / msb.2013.9 . ISSN  1744-4292 . PMC  3658277 . PMID  23549480 .
  10. ^ Тоникян, Раффи; Синь, Сяофэн; Торет, Кристофер П .; Гфеллер, Дэвид; Ландграф, Кристиана; Панни, Симона; Паолузи, Серена; Кастаньоли, Луиза; Каррелл, Бриджит (01.10.2009). «Байесовское моделирование дрожжевого взаимодействующего домена SH3 предсказывает пространственно-временную динамику белков эндоцитоза» . PLOS Биология . 7 (10): e1000218. DOI : 10.1371 / journal.pbio.1000218 . ISSN  1545-7885 . PMC  2756588 . PMID  19841731 .

внешние ссылки