Thermococcus litoralis - Thermococcus litoralis
Термококк литоралис | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | |
Тип: | |
Класс: | |
Порядок: | |
Семья: | |
Род: | |
Разновидность: |
T. litoralis
|
Биномиальное имя | |
Термококк литоралис Neuner et al. 2001 г.
|
Thermococcus litoralis ( T. litoralis ) - это вид архей , обитающих вокруг глубоководных гидротермальных источников, а также у неглубоких подводных термальных источников и нефтяных скважин. Это анаэробный органотроф- гипертермофил диаметром 0,5–3,0 мкм (20–118 мкдюймов). Как и другие виды отряда thermococcales, T. litoralis представляет собой гипертермофильный кокк неправильной формы, который растет при температуре 55–100 ° C (131–212 ° F). В отличие от многих других thermococci, Т. ШогаИз является не-подвижно . Его клеточная стенка состоит только из одного S-слоя , не образующего гексагональной решетки. Кроме того, в то время как многие термококки обязательно используют серу в качестве акцептора электронов в метаболизме, T. litoralis нужна сера только для стимуляции роста и может жить без нее. T. litoralis недавно был популяризирован научным сообществом за его способность продуцировать ДНК-полимеразу, альтернативную обычно используемой полимеразе Taq . В Т. ШогаИза полимераза, названная вентиляционная полимеразу, как была показана, имеет более низкую частоту ошибокчем Taqно изза его корректуру 3'-5' экзонуклеазной способность.
ДНК-полимераза
ДНК-полимераза | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||
Организм | |||||||
Условное обозначение | pol | ||||||
UniProt | P30317 | ||||||
|
ДНК - полимераза из Thermococcus ШогаИза стабильна при высоких температурах, с периодом полураспада в восемь часов при 95 ° C (203 ° F) и два часов при температуре 100 ° C (212 ° F). Он также обладает функцией корректуры, которая может снизить частоту мутаций до уровня в 2–4 раза ниже, чем у большинства ДНК-полимераз, не выполняющих корректуру.
Среда обитания и экология
T. litoralis растет около мелководных и глубоководных гидротермальных источников в чрезвычайно горячей воде. Оптимальная температура роста T. litoralis 85–88 ° C. Он также предпочитает слабокислую воду с уровнем pH от 4,0 до 8,0 с оптимальным значением pH от 6,0 до 6,4. В отличие от многих других гипертермофилов, T. litoralis лишь факультативно зависит от серы как конечного акцептора электронов при ферментации, производя газообразный водород в ее отсутствие и сероводород, если он присутствует. Кроме того, было показано , что T. litoralis продуцирует экзополисахарид (EPS), который, возможно, может помочь ему сформировать биопленку . Он состоит из маннозы , сульфитов и фосфора.
Физиология
T. litoralis может использовать пируват , мальтозу и аминокислоты в качестве источников энергии. В лабораторных условиях T. litoralis должен быть снабжен аминокислотами, чтобы расти без снижения скорости. Единственные аминокислоты, которые ему не нужны, - это аспарагин , глутамин , аланин и глутамат . Эти аминокислоты могут не быть жизненно важными для T. litoralis, потому что аспарагин и глутамин имеют тенденцию к дезаминированию при высоких температурах, характерных для гидротермальных источников, а аланин и глутамат обычно могут продуцироваться другими гипертермофильными археями. Основным источником углерода для T. litoralis, по- видимому, является мальтоза, которая может быть доставлена в клетку через переносчик мальтозо- трегалозы ABC . T. litoralis имеет специальный гликолитический путь, называемый модифицированным путем Эмбдена-Мейерхоффа (EM). Одним из способов отклонения модифицированного пути ЭМ у T. litoralis от обычного пути ЭМ является то, что модифицированная версия содержит АДФ-зависимую гексозокиназу и PFK вместо АТФ-зависимых версий ферментов.
Новые штаммы
Новый анализ ДНК показал несколько изолятов T. litoralis , MW и Z-1614, которые, скорее всего, являются новыми штаммами. Было подтверждено, что MW и Z-1614 являются штаммами T. litoralis посредством ДНК-ДНК-гибридизации , соотношений C – G (38–41 мол.%) И иммуноблоттинга. По морфологии они немного отличаются от ранее выделенных T. litoralis, поскольку все они имеют жгутики. Таким же образом было показано, что ранее обнаруженный Caldococcus litoralis на самом деле был T. litoralis . Геном T. litoralis еще предстоит полностью секвенировать.
использованная литература
дальнейшее чтение
- Гарднер А.Ф., Кумар С., Перлер Ф. Б. (май 2012 г.). «Последовательность генома модели гипертермофильной археи Thermococcus litoralis NS-C» . Журнал бактериологии . 194 (9): 2375–6. DOI : 10.1128 / JB.00123-12 . PMC 3347054 . PMID 22493191 .
- Ривас-Пардо Дж. А., Эррера-Моранде А., Кастро-Фернандес В., Фернандес Ф. Дж., Вега МС, Гиксе В. (20 июня 2013 г.). «Кристаллическая структура, SAXS и кинетический механизм гипертермофильной АДФ-зависимой глюкокиназы из Thermococcus litoralis обнаруживают консервативный механизм катализа» . PLOS ONE . 8 (6): e66687. Bibcode : 2013PLoSO ... 866687R . DOI : 10.1371 / journal.pone.0066687 . PMC 3688580 . PMID 23818958 .