Семейство носителей растворенных веществ - Solute carrier family

Группа переносчиков растворенного вещества ( SLC ) мембранных транспортных белков включает более 400 членов, организованных в 66 семейств. Большинство членов группы SLC расположены в клеточной мембране . Система номенклатуры генов SLC была первоначально предложена Комитетом по номенклатуре генов HUGO ( HGNC ) и является основой для официальных названий HGNC генов, кодирующих эти переносчики. Более общую классификацию трансмембранных переносчиков можно найти в базе данных TCDB .

Растворенные вещества , которые переносятся различными членами группы SLC, чрезвычайно разнообразны и включают как заряженные, так и незаряженные органические молекулы, а также неорганические ионы и газообразный аммиак .

Как типично для интегральных мембранных белков , SLC содержат ряд гидрофобных трансмембранных альфа-спиралей, соединенных друг с другом гидрофильными внутри- и внеклеточными петлями. В зависимости от SLC эти переносчики функционируют либо как мономеры, либо как облигатные гомо- или гетероолигомеры. Многие семьи SLC являются членами суперсемейства основных фасилитаторов .

Сфера

По соглашению системы номенклатуры члены в пределах отдельного семейства SLC имеют более чем 20-25% идентичности последовательностей друг с другом. Напротив, гомология между семействами SLC очень низкая или отсутствует. Следовательно, критерием включения семейства в группу SLC является не эволюционное родство с другими семействами SLC, а скорее функциональное (т. Е. Интегральный мембранный белок, который переносит растворенное вещество).

Группа SLC включает примеры транспортных белков, которые:

Серия SLC не включает членов семейств транспортных белков, которые ранее были классифицированы другими широко принятыми системами номенклатуры, включая:

Субклеточное распределение

Большинство членов группы SLC расположены в клеточной мембране , но некоторые члены расположены в митохондриях (наиболее заметным из них является семейство SLC 25) или других внутриклеточных органеллах .

Система номенклатуры

Имена отдельных членов SLC имеют следующий формат:

  • SLCnXm

куда:

  • SLC - это корневое имя ( S o L ute C arrier)
  • n = целое число, представляющее семью (например, 1-52)
  • X = одна буква (A, B, C, ...), обозначающая подсемейство
  • m = целое число, представляющее отдельного члена семьи ( изоформа ).

Например, SLC1A1 является первой изоформой подсемейства A семейства SLC 1.

Исключение составляет семейство SLC 21 (транспортеры полипептидов, транспортирующих органические анионы), которые по историческим причинам имеют имена в формате SLCOnXm, где n = номер семейства, X = буква подсемейства и m = номер члена.

В то время как HGNC присваивает номенклатуру только генам человека, по соглашению ортологи позвоночных этих генов принимают ту же номенклатуру (например, ортологи SLC10A1, назначенные VGNC ). Для грызунов регистр символов отличается от других позвоночных за счет использования регистра заглавия, т.е. Slc1a1 обозначает ортолог гена SLC1A1 человека грызунам.

Семьи

Следующие семейства названы в соответствии с SLC:

  1. высокоаффинный переносчик глутамата и нейтральных аминокислот
  2. облегченный транспортер GLUT
  3. тяжелые субъединицы переносчиков гетеродимерных аминокислот
  4. транспортер бикарбоната
  5. котранспортер глюкозы натрия
  6. натрий- и хлорид- зависимые натрий: симпортеры нейротрансмиттеров
  7. переносчик катионных аминокислот / связанный с гликопротеином
  8. Обменник Na + / Ca2 +
  9. Na + / H + обменник
  10. котранспорт натриевой желчной соли
  11. переносчик ионов металлов с протонной связью
  12. электронейтральный котранспортер катион-Cl
  13. Na + -сульфат / карбоксилат котранспортер
  14. транспортер мочевины
  15. котранспортер протонного олигопептида
  16. переносчик монокарбоксилата
  17. везикулярный переносчик глутамата
  18. переносчик везикулярного амина
  19. транспортер фолиевой кислоты / тиамина
  20. котранспортер Na + -фосфата типа III
  21. перенос органических анионов
  22. переносчик органических катионов / анионов / цвиттерионов
  23. Na + -зависимый переносчик аскорбиновой кислоты
  24. Na + / (Ca2 + -K +) обменник
  25. митохондриальный носитель
  26. многофункциональный анионообменник
  27. белки, транспортирующие жирные кислоты
  28. Na + -связанный транспорт нуклеозидов
  29. облегчающий переносчик нуклеозидов
  30. транспортер цинка
  31. транспортер меди
  32. везикулярный ингибиторный переносчик аминокислот
  33. Ацетил-КоА Транспортер
  34. котранспортер Na + -фосфата типа II
  35. переносчик нуклеотидов-сахаров
  36. переносчик протон-связанных аминокислот
  37. сахарно-фосфатный / фосфатный обменник
  38. Система A&N, переносчик нейтральных аминокислот, связанный с натрием
  39. переносчик ионов металлов
  40. базолатеральный транспортер железа
  41. MgtE-подобный транспортер магния
  42. Транспортер аммиака
  43. Na + -независимый, L-подобный переносчик аминокислот
  44. Холин-подобный транспортер
  45. Предполагаемый перевозчик сахара
  46. Транспортер фолиевой кислоты
  47. экструзия множественных лекарств и токсинов
  48. Семейство транспортеров гема
    • (SLC48A1)
  49. Транспортер гема
  50. Транспортеры сахарного оттока семейства SWEET
    • (SLC50A1)
  51. Переносчики стероидных молекул
    • (SLC51A, SLC51B)
  52. Семейство транспортеров рибофлавина RFVT / SLC52
    • (SLC52A1, SLC52A2, SLC52A3)
  53. Фосфатные носители
  54. Митохондриальные носители пирувата
    • (MPC1 (SLC54A1), MPC2 (SLC54A2), MPC1L (SLC54A3))
  55. Митохондриальные катионо-протонные обменники
    • (LETM1 (SLC54A1), LETM2 (SLC54A2), LETMD1 (SLC54A3))
  56. Сидерофлексины
    • ( SFXN1 (SLC56A1) , SFXN2 (SLC56A2), SFXN3 (SLC56A3), SFXN4 (SLC56A4), SFXN5 (SLC56A5))
  57. Семейство NiPA-подобных транспортеров магния
  58. Семейство MagT-подобных транспортеров магния
  59. Семейство натрийзависимых симпортеров лизофосфатидилхолина
    • (MFSD2A (SLC59A1), MFSD2B (SLC59A2))
  60. Транспортеры глюкозы
    • (MFSD4A (SLC60A1), MFSD4B (SLC60A2))
  61. Семейство транспортеров молибдата
    • (MFSD5 (SLC61A1))
  62. Транспортеры пирофосфата
    • (АНХ (SLC62A1))
  63. Транспортеры сфингозин-фосфата
    • (SPNS1 (SLC63A1), SPNS2 (SLC63A2), SPNS3 (SLC63A3))
  64. Обменники Golgi Ca2 + / H +
    • (TMEM165 (SLC64A1))
  65. Переносчики холестерина NPC-типа
  66. Экспортеры катионных аминокислот

Предполагаемые SLC

Предполагаемые SLC , также называемые атипичными SLC, представляют собой новые, вероятные вторичные активные или способствующие белки-переносчики, которые имеют общие предки с известными SLC. Однако атипичные SLC типа MFS можно подразделить на 15 предполагаемых семейств транспортеров MFS ( AMTF ).

Все предполагаемые SLC являются вероятными транспортерами SLC. Некоторые из них «нетипичны» только в том, что касается их номенклатуры; гены имеют назначение SLC, но в качестве псевдонима, и сохранили свой уже назначенный символ гена «не-SLC» в качестве утвержденного символа.

Ниже перечислены некоторые предполагаемые SLC: OCA2 , CLN3 , TMEM104 , SPNS1, SPNS2 , SPNS3 , SV2A , SV2B , SV2C , SVOP, SVOPL, MFSD1 , MFSD2A , MFSD2B , MFSD3 , MFSD4A , MFSD4B , MFSD6 , MFSD6 , MFSDFD5 , MFSDLD5 , MFSD6 , MFSD10 , MFSD11 , MFSD12 , MFSD13A , MFSD14A , MFSD14B , UNC93A и UNC93B1 .

использованная литература

Таблицы SLC. SLCtables

внешние ссылки