Pseudomonas putida -Pseudomonas putida
Pseudomonas putida | |
---|---|
Научная классификация | |
Домен: | Бактерии |
Тип: | Протеобактерии |
Класс: | Гаммапротеобактерии |
Заказ: | Pseudomonadales |
Семья: | Pseudomonadaceae |
Род: | Псевдомонады |
Видовая группа : | Группа Pseudomonas putida |
Разновидность: |
P. putida
|
Биномиальное имя | |
Pseudomonas putida Тревизан, 1889 г.
|
|
Тип штамма | |
ATCC 12633 CCUG 12690 |
|
Синонимы | |
Bacillus Шогезсепз putidus» Флюгг 1886 |
Pseudomonas putida - это грамотрицательные палочковидные сапротрофные почвенные бактерии .
На основе анализа 16S рРНК P. putida была таксономически подтверждена как вид Pseudomonas ( sensu stricto ) и помещена вместе с несколькими другими видами в группу P. putida , которой он дал свое название. Однако недавний филогеномный анализ 494 полных геномов из всего рода Pseudomonas ясно показал, что геномы, названные P. putida , не образовывали монофилетическую кладу, а были рассредоточены и образовали более широкую эволюционную группу (группа putida), которая включала также другие виды, такие как Pseudomonas алкилфенолия, Pseudomonas monteilii, Pseudomonas cremoricolorata, Pseudomonas fulva, Pseudomonas parafulva, Pseudomonas entomophila, Pseudomonas mosselii и Pseudomonas plecoglossicida .
Разновидность P. putida , называемая мультиплазмидной псевдомонадой , разлагающей углеводороды , является первым в мире запатентованным организмом. Поскольку это живой организм, патент был оспорен и передан в Верховный суд США в историческом судебном деле Diamond v. Chakrabarty , которое выиграл изобретатель, Ананда Мохан Чакрабарти . Он демонстрирует очень разнообразный метаболизм, включая способность разлагать органические растворители, такие как толуол . Эта способность была использована при биоремедиации или использовании микроорганизмов для разложения загрязнителей окружающей среды. Использование P. putida предпочтительнее некоторых других видов Pseudomonas, способных к такой деградации, поскольку это безопасный вид бактерий, в отличие , например, от P. aeruginosa , который является условно-патогенным микроорганизмом человека.
Геномика
Количество белка и содержание GC в (63) геномах, которые принадлежат к более широкой эволюционной группе P. putida (как определено филогеномным анализом 494 полных геномов от всего рода Pseudomonas ), колеблются между 3748–6780 (среднее: 5197) и от 58,7 до 64,4% (в среднем 62,3%) соответственно. Основной протеом 63 проанализированных геномов (группы P. putida ) включал 1724 белка, из которых только 1 коровый белок был специфичным для этой группы, что означает, что он отсутствовал во всех других проанализированных псевдомонадах .
Использует
Биоремедиация
Разнообразный метаболизм штаммов P. putida дикого типа может быть использован для биоремедиации; например, в лаборатории было показано, что он действует как модификатор почвы для восстановления загрязненных нафталином почв.
Pseudomonas putida способна превращать стирольное масло в биоразлагаемый пластик PHA . Это может быть полезным в эффективной переработки из полистирола пенопласта, в противном случае считается, не поддается биологическому разложению.
Биоконтроль
Pseudomonas putida продемонстрировала потенциальные свойства биоконтроля как эффективный антагонист подавления болезней, таких как Pythium и Fusarium .
Сигнатуры использования олигонуклеотидов в геноме P. putida KT2440
Ди- для pentanucleotide использования и список наиболее обильной окта- в tetradecanucleotides полезные меры бактериальной геномной подписи. П. putida KT2440 хромосомы характеризуются прядями симметрии и intrastrand четности комплементарных олигонуклеотидов. Каждый тетрануклеотид встречается с одинаковой частотой на двух цепях. Использование тетрануклеотидов обусловлено содержанием G + C и физико-химическими ограничениями, такими как энергия накопления оснований, угол поворота пропеллера динуклеотида или изгибаемость тринуклеотида. 105 областей с атипичным олигонуклеотидным составом могут быть дифференцированы по типам использования олигонуклеотидов на категории горизонтально приобретенных генных островов, многодоменных генов или древних регионов, таких как гены рибосомных белков и РНК. Видоспецифическая экстрагенная палиндромная последовательность является наиболее частым повторением в геноме, которое можно использовать для типирования штаммов P. putida . В кодирующей последовательности P. putida LLL является наиболее распространенным трипептидом.
Органический синтез
Подверженность Pseudomonas putida генетическим манипуляциям позволила использовать ее в синтезе множества органических фармацевтических и сельскохозяйственных соединений из различных субстратов.
CBB5 и потребление кофеина
Pseudomonas putida CBB5, непроработанная разновидность дикого типа, встречающаяся в почве, может питаться кофеином и, как было обнаружено, расщепляет кофеин на углекислый газ и аммиак.
Рекомендации
Внешние ссылки
- Резюме оценки рисков, CEPA 1999. Pseudomonas putida CR30RNSLL (pADPTel) .
- Pseudomonas putida является примером Rhizobacterium, способствующего росту растений, который производит хелатирующие железо вещества.
- Типовой штамм Pseudomonas putida в Bac Dive - база метаданных по бактериальному разнообразию