Pseudomonas putida -Pseudomonas putida

Pseudomonas putida
Научная классификация редактировать
Домен: Бактерии
Тип: Протеобактерии
Класс: Гаммапротеобактерии
Заказ: Pseudomonadales
Семья: Pseudomonadaceae
Род: Псевдомонады
Видовая группа : Группа Pseudomonas putida
Разновидность:
P. putida
Биномиальное имя
Pseudomonas putida
Тревизан, 1889 г.
Тип штамма
ATCC 12633

CCUG 12690
CFBP 2066
DSM 291
HAMBI 7
JCM 13063 и 20120
LMG 2257
NBRC
14164 NCAIM B.01634
NCCB 72006 и 68020
NCTC 10936

Синонимы

Bacillus Шогезсепз putidus» Флюгг 1886
Bacillus putidus Тревисан 1889
Pseudomonas eisenbergii Migula 1900
Pseudomonas convexa Честер 1901
Pseudomonas инкогнит Честер 1901
Pseudomonas ovalis Честер 1901
Pseudomonas Рагоса (Wright 1895) Честер 1901
Pseudomonas полосатого Честер 1901
Pseudomonas mildenbergii Берджи , и др. , Arthrobacter siderocapsulatus Дубинин и Жданов 1975 Pseudomonas arvilla O. Hayaishi Pseudomonas barkeri Rhodes Pseudomonas cyanogena Hammer.



Pseudomonas putida - это грамотрицательные палочковидные сапротрофные почвенные бактерии .

На основе анализа 16S рРНК P. putida была таксономически подтверждена как вид Pseudomonas ( sensu stricto ) и помещена вместе с несколькими другими видами в группу P. putida , которой он дал свое название. Однако недавний филогеномный анализ 494 полных геномов из всего рода Pseudomonas ясно показал, что геномы, названные P. putida , не образовывали монофилетическую кладу, а были рассредоточены и образовали более широкую эволюционную группу (группа putida), которая включала также другие виды, такие как Pseudomonas алкилфенолия, Pseudomonas monteilii, Pseudomonas cremoricolorata, Pseudomonas fulva, Pseudomonas parafulva, Pseudomonas entomophila, Pseudomonas mosselii и Pseudomonas plecoglossicida .

Разновидность P. putida , называемая мультиплазмидной псевдомонадой , разлагающей углеводороды , является первым в мире запатентованным организмом. Поскольку это живой организм, патент был оспорен и передан в Верховный суд США в историческом судебном деле Diamond v. Chakrabarty , которое выиграл изобретатель, Ананда Мохан Чакрабарти . Он демонстрирует очень разнообразный метаболизм, включая способность разлагать органические растворители, такие как толуол . Эта способность была использована при биоремедиации или использовании микроорганизмов для разложения загрязнителей окружающей среды. Использование P. putida предпочтительнее некоторых других видов Pseudomonas, способных к такой деградации, поскольку это безопасный вид бактерий, в отличие , например, от P. aeruginosa , который является условно-патогенным микроорганизмом человека.

Геномика

Количество белка и содержание GC в (63) геномах, которые принадлежат к более широкой эволюционной группе P. putida (как определено филогеномным анализом 494 полных геномов от всего рода Pseudomonas ), колеблются между 3748–6780 (среднее: 5197) и от 58,7 до 64,4% (в среднем 62,3%) соответственно. Основной протеом 63 проанализированных геномов (группы P. putida ) включал 1724 белка, из которых только 1 коровый белок был специфичным для этой группы, что означает, что он отсутствовал во всех других проанализированных псевдомонадах .

Использует

Биоремедиация

Разнообразный метаболизм штаммов P. putida дикого типа может быть использован для биоремедиации; например, в лаборатории было показано, что он действует как модификатор почвы для восстановления загрязненных нафталином почв.

Pseudomonas putida способна превращать стирольное масло в биоразлагаемый пластик PHA . Это может быть полезным в эффективной переработки из полистирола пенопласта, в противном случае считается, не поддается биологическому разложению.

Биоконтроль

Pseudomonas putida продемонстрировала потенциальные свойства биоконтроля как эффективный антагонист подавления болезней, таких как Pythium и Fusarium .

Сигнатуры использования олигонуклеотидов в геноме P. putida KT2440

Ди- для pentanucleotide использования и список наиболее обильной окта- в tetradecanucleotides полезные меры бактериальной геномной подписи. П. putida KT2440 хромосомы характеризуются прядями симметрии и intrastrand четности комплементарных олигонуклеотидов. Каждый тетрануклеотид встречается с одинаковой частотой на двух цепях. Использование тетрануклеотидов обусловлено содержанием G + C и физико-химическими ограничениями, такими как энергия накопления оснований, угол поворота пропеллера динуклеотида или изгибаемость тринуклеотида. 105 областей с атипичным олигонуклеотидным составом могут быть дифференцированы по типам использования олигонуклеотидов на категории горизонтально приобретенных генных островов, многодоменных генов или древних регионов, таких как гены рибосомных белков и РНК. Видоспецифическая экстрагенная палиндромная последовательность является наиболее частым повторением в геноме, которое можно использовать для типирования штаммов P. putida . В кодирующей последовательности P. putida LLL является наиболее распространенным трипептидом.

Органический синтез

Подверженность Pseudomonas putida генетическим манипуляциям позволила использовать ее в синтезе множества органических фармацевтических и сельскохозяйственных соединений из различных субстратов.

CBB5 и потребление кофеина

Pseudomonas putida CBB5, непроработанная разновидность дикого типа, встречающаяся в почве, может питаться кофеином и, как было обнаружено, расщепляет кофеин на углекислый газ и аммиак.

Рекомендации

Внешние ссылки