PHI-база - PHI-base

PHI-база
Логотип PHI-base
Содержание
Описание База данных взаимодействий патоген-хозяин
Типы данных
захвачены
фенотипы микробных мутантов
Организмы ~ 276 грибковых, бактериальных и простейших патогенов, имеющих агрономическое и медицинское значение, протестировано на ~ 224 хозяевах
Контакт
Исследовательский центр Rothamsted Research
Первичное цитирование PMID  31733065
Дата выпуска Май 2005 г.
Доступ
Формат данных XML, FASTA
Интернет сайт PHI-база
Инструменты
Интернет Поиск по базе PHI

ФИБ-ВЗРЫВ

PHI-Canto (курирование автора)
Разнообразный
Лицензия Международная лицензия Creative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0
Управление версиями да

Частота выпуска данных
6 ежемесячно
Версия 4.11 (май 2021 г.)
Политика курирования Ручное курирование

База данных взаимодействий патоген-хозяин ( PHI-base ) - это биологическая база данных, которая содержит тщательно подобранную информацию о генах, которые, как экспериментально доказано, влияют на результат взаимодействий патоген-хозяин . База данных поддерживается исследователями Rothamsted Research вместе с внешними сотрудниками с 2005 года. С апреля 2017 года база PHI является частью ELIXIR , европейской инфраструктуры биологических наук для получения биологической информации через ее узел ELIXIR-UK.

Задний план

Возбудитель - Хост базы данных взаимодействий была разработана для эффективного использования растущего числа проверенных генов , которые обеспечивают способность организма к болезням причины и / или для ответов триггера хозяевах.

База данных, доступная в Интернете, содержит каталоги экспериментально подтвержденных патогенных, вирулентных и эффекторных генов бактериальных, грибковых и оомицетных патогенов, которые инфицируют животных, растений и грибов-хозяев. PHI-base - это первый он-лайн ресурс, посвященный идентификации и представлению информации о генах патогенности грибов и оомицетов и их взаимодействиях с хозяевами. Таким образом, PHI-base является ценным ресурсом для обнаружения кандидатов-мишеней в важных с медицинской и агрономической точки зрения грибковых и оомицетных патогенах для вмешательства с синтетическими химическими веществами и натуральными продуктами ( фунгицидами ).

Каждая запись в базе PHI курируется экспертами в предметной области и поддерживается убедительными экспериментальными данными (эксперименты по разрушению генов), а также литературными ссылками, в которых описаны эксперименты. Каждый ген в базе PHI представлен с его нуклеотидной и выведенной аминокислотной последовательностью, а также подробным структурированным описанием предполагаемой функции белка во время процесса инфицирования хозяина. Для облегчения взаимодействия данных гены аннотируются с использованием контролируемых словарей ( термины генной онтологии , номера EC и т. Д.) И связаны с другими внешними источниками данных, такими как UniProt , EMBL и службы таксономии NCBI .

Текущие события

Версия 4.11 (5 мая 2021 г.) базы PHI предоставляет информацию о 8070 генах от 276 патогенов и 224 хозяевах и их влиянии на 17060 взаимодействий, а также информацию об эффективности около 20 лекарственных препаратов и целевых последовательностях в патогене. PHI-base в настоящее время фокусируется на патогенных для растений и человека патогенных организмах, включая грибы, оомицеты и бактерии. Все содержимое базы данных можно загрузить в формате с разделителями табуляцией. С 2015 года на веб-сайте есть инструмент онлайн-поиска литературы под названием PHI-Canto, предназначенный для изучения литературы сообществами по различным патогенным видам. С момента запуска версии 4 в базе PHI также можно выполнять поиск с помощью инструмента поиска PHIB-BLAST, который использует алгоритм BLAST для сравнения последовательности пользователя с последовательностями, доступными из базы PHI. В 2016 году заводская часть PHI-базы была использована для создания инструмента поиска по семантической базе PHI ».

База PHI согласована с Ensembl Genomes с 2011 года, Fungidb с 2016 года и Global Biotic Interactions (GloBI) (с августа 2018 года). Все новые версии PHI-базы интегрированы в эти независимые базы данных. База PHI цитируется в более чем 350 рецензируемых публикациях. Подробная информация обо всех этих публикациях приводится в разделе базы данных «О нас».

PHI-base - это ресурс для множества приложений, в том числе:

›Открытие консервативных генов у важных с медицинской и агрономической точки зрения патогенов, которые могут быть потенциальными мишенями для химического вмешательства.

›Сравнительный анализ генома

›Аннотация недавно секвенированных геномов патогенов

›Функциональная интерпретация экспериментов по секвенированию РНК и микрочипам

›Быстрая перекрестная проверка фенотипических различий между патогенными видами при написании статей для экспертной оценки.

Использование базы PHI упоминается в более чем 500 рецензируемых статьях, опубликованных в международных журналах. Все эти статьи цитируются в разделе базы данных «О программе».

В настоящее время поддерживается несколько конкретных улучшений базы PHI. Проект PhytoPath разрабатывает биоинформатический ресурс, который объединяет данные в масштабе генома от важных видов патогенов растений с фенотипами, зафиксированными в базе PHI. Используя браузер Ensembl Genomes, PhytoPath обеспечивает доступ к полным сборкам генома и генным моделям приоритетных сельскохозяйственных культур и модельным фитопатогенам грибов и оомицетов. Усовершенствованный инструмент поиска PhytoPath BioMart позволяет искать среди различных видов патогенов растений.

Финансирование

База PHI - это национальный потенциал, финансируемый Исследовательским советом по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC), исследовательским советом Великобритании.

использованная литература

внешние ссылки