Информационная структура по неврологии - Neuroscience Information Framework
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Ресурсы по нейробиологии в Интернете: данные, материалы и инструменты |
| Типы данных захвачены |
Неврология |
| Связаться с нами | |
| Авторы | Мартоне, Мэн |
| Дата выхода | 2008 г. |
| Доступ | |
| Формат данных | HTML, XML, JSON, CSV |
| Интернет сайт | http://www.neuinfo.org/ |
| URL-адрес веб-службы | http://neuinfo.org/developers |
| Конечная точка Sparql | http://neurolex.org/ запрос конечной точки sparql |
| Разное | |
| Лицензия |
 Лицензия Creative Commons Attribution 3.0 |
| Управление версиями | 6.2 |
Частота выпуска данных |
еженедельно |
| Политика курирования | непрерывный человек и машина |
Информация Framework Neuroscience является хранилищем глобальных нейронауки веб - ресурсов, в том числе экспериментальных , клинических и поступательных нейронауки баз данных , баз знаний, атласов и генетических / геномных ресурсов и предоставляет множество авторитетных ссылок по всей нейробиологии портале Википедии.
Описание
Информационная система по неврологии (NIF) является инициативой проекта NIH Blueprint for Neuroscience Research , созданного в 2004 году Национальными институтами здравоохранения .
Разработка NIF началась в 2008 году, когда Медицинская школа Сан-Диего Калифорнийского университета получила контракт с NIH на создание и ведение «динамического реестра сетевых данных, ресурсов и инструментов нейробиологии, к которым ученые и студенты могут получить доступ через любой компьютер. компьютер, подключенный к Интернету ». Проект возглавляет Мэрианн Мартоне, содиректор Национального центра исследований микроскопии и изображений (NCMIR), входящего в состав многопрофильного центра исследований биологических систем (CRBS) со штаб-квартирой в Калифорнийском университете в Сан-Диего. Вместе с соруководителями Джеффри С. Грете и Амарнатхом Гуптой Мартоне возглавляет национальное сотрудничество, в которое входят исследователи из Йельского университета , Калифорнийского технологического института , Университета Джорджа Мейсона , Гарварда и Вашингтонского университета .
Цели
В отличие от обычных поисковых систем , NIF обеспечивает гораздо более глубокий доступ к целевому набору ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, стратегиям поиска, адаптированным к нейробиологии, и доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковых систем Интернета . NIF - это динамический перечень баз данных нейробиологии, аннотированный и интегрированный с единой системой биомедицинской терминологии (например, NeuroLex ). NIF поддерживает запросы на основе концепций в нескольких масштабах биологической структуры и нескольких уровнях биологической функции, что упрощает поиск и понимание результатов. NIF также предоставит реестр, через который поставщики ресурсов могут раскрывать доступность ресурсов, относящихся к исследованиям в области нейробиологии. NIF не предназначен для использования в качестве хранилища или репозитория, а является средством раскрытия и поиска ресурсов, доступных через Интернет в других местах .
Стандартная онтология NIFSTD или NIF содержит множество терминов, синонимов и сокращений, полезных для нейробиологии, а также динамические категории, такие как определенные классы клеток, основанные на различных свойствах, таких как нейрон, нейротрансмиттер или роль в цепи, или наркотики, вызывающие злоупотребление, в соответствии с Национальным стандартом. Институты по злоупотреблению наркотиками . Любой термин (со связанными синонимами) или динамическая категория (все термины с их синонимами) могут использоваться для одновременного запроса всех данных, которые в настоящее время индексирует NIF, пожалуйста, найдите несколько примеров ниже:
- доступные данные о гиппокампе, включая синонимы
- данные о болезни Паркинсона, включая архаичные синонимы, такие как paralysis agitans
- нейрон неокортекса динамическая категория включает все нейроны, у которых есть сома клеток в любой части неокортекса
Содержание
Контент NIF можно рассматривать как каталог (реестр NIF) и глубокий поиск в базе данных (федерация данных NIF)
- Каталог NIF содержит самый большой список ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, финансируемых Национальным институтом здравоохранения, включая научные базы данных, программные инструменты, экспериментальные реактивы и инструменты, базы знаний и порталы, а также другие объекты, идентифицированные исследовательским сообществом нейробиологии.
Список текущих ресурсов можно найти на www.neuinfo.org/registry.
- Федерация данных NIF осуществляет глубокий поиск содержимого базы данных более чем 150 баз данных, включая: различные базы данных NCBI (PubMed, Gensat, Entrez Gene, Homologene, GEO), а также множество больших и малых баз данных, имеющих какое-то отношение к нейробиологии, включая Gemma (данные микрочипов из нервная система), CCDB и CIL (в основном изображения нейронов и астроцитов), GeneNetwork, AgingGenesDB, XNAT, 1000 функциональных коннектомов. «Полный» список (по состоянию на апрель 2013 г.) можно найти в таблице ниже. Обновленный список можно найти на странице объединения данных .
- Кроме того, многие базы данных с очень похожими типами данных были интегрированы в «виртуальные базы данных», которые объединяют множество баз данных в одну таблицу. Например, AntibodyRegistry объединяет данные от 200+ поставщиков, NIF Integrated BrainGeneExpression объединяет данные экспрессии генов из Gensat, Alan Brain и Mouse Genome Informatics, представление Connectivity объединяет шесть баз данных, содержащих утверждения о подключении нервной системы, интегрированное представление Animal объединяет данные о каталогах экспериментальных животных, доступных исследователям по трансгенным или инбредным червям, рыбкам данио, мышам и крысам. Мы добавляем их по мере регистрации данных, поэтому вернитесь на эту страницу, чтобы увидеть текущее содержимое.
- Для получения исчерпывающего и актуального списка баз данных и наборов данных, зарегистрированных в NIF, посетите эту страницу www.neurolex.org . Приведенная ниже таблица была обновлена 9 апреля 2013 г.
| Набор данных или имя базы данных | Тип |
|---|---|
| ZFIN | База данных, репозиторий данных, коллекция изображений |
| Международный ресурсный центр по рыбкам данио | Ресурсы по поставкам биоматериалов, Поставщики антител, Услуги по анализу биоматериалов, Поставщики организмов, Хранилище материалов |
| XNAT Central | База данных, коллекция изображений, репозиторий данных |
| WormBase | База данных, Репозиторий данных, Сервис анализа данных, Программный ресурс |
| Блоги Wired Science | Блог, Повествовательный ресурс |
| Проводная наука | Блог |
| WikiPathways | Вики |
| VMD | База данных, служба анализа данных |
| Платформа Visiome | База данных, Видеоресурс, Тематический портал, Репозиторий ПО, Репозиторий данных, Изображение |
| UniProtKB | База данных, хранилище данных |
| Лаборатория визуальной неврологии UCSF | Портал лаборатории, Изображение, Видеоресурс |
| База данных мультимодальных соединений UCLA | Репозиторий данных, Служба анализа данных, База данных |
| На этой неделе в науке | Подкаст |
| TheScienceJobs.com | Ресурс вакансии, Ресурс встречи, Мастерская |
| The Guardian: Science Weekly | Подкаст |
| The Guardian: Видео о науке | Видео ресурс |
| Хранитель: Наука | Блог, Повествовательный ресурс |
| Ежедневное сканирование | Повествовательный ресурс, Блог |
| Клетка: библиотека изображений | Видеоресурс, Изображение, Репозиторий данных |
| Височная доля: гиппокамп - нейроанатомия парагиппокампа крысы | База данных |
| ТАИР | База данных, хранилище данных, служба анализа данных, экспериментальный протокол |
| T3DB | База данных |
| Synapse Web | Атлас, Коллекция изображений, Учебные материалы |
| SumsDB (база данных системы управления поверхностями) и онлайн-визуализация WebCaret | Атлас, База данных, Репозиторий данных, Сервис анализа данных |
| Simtk.org | Тематический портал, Программный ресурс, Набор данных, Программный репозиторий |
| SGN | База данных, Репозиторий данных, Сервис анализа данных, Исходный код |
| SGD | База данных, Репозиторий данных, Стандартная спецификация, Сервис анализа данных |
| Брифинги SfN Brain | Повествовательный ресурс |
| Ген SFARI: AutDB | База данных, хранилище данных |
| SciLogs | Блог |
| Наблюдения журнала Scientific American | Блог |
| Гостевой блог Scientific American | Блог |
| Перекрестная проверка Scientific American | Блог |
| Научный американец Беринг в мыслях | Блог |
| Наука СЕЙЧАС | Повествовательный ресурс |
| ScienceBlogs: Медицина и здоровье | Блог |
| ScienceBlogs: Науки о жизни | Блог |
| ScienceBlogs: мозг и поведение | Блог |
| Обсуждение науки | Подкаст |
| Научный подкаст | Подкаст, Повествовательный ресурс |
| Научная карьера | Ресурс вакансии, Повествовательный ресурс |
| Sciblogs | Блог |
| Подкасты Королевского колледжа психиатров | Подкаст |
| RGD | Репозиторий данных, база данных, доступная через Интернет, база данных, служба анализа данных, поставщик организмов |
| RetractionWatch.com | Блог |
| Retina Project | Набор данных с пространственной привязкой, Коллекция изображений |
| Исследования | Ресурс финансирования, Репозиторий данных |
| Исследования в блогах | Блог, База данных, Репозиторий данных |
| Reactome | База данных, служба анализа данных, веб-служба, книга |
| КВЕСТ | Повествовательный ресурс, Портал построения сообщества, Подкаст, Информационная программа, Учебные материалы, Учебный ресурс, Видеоресурс |
| PubMed Здоровье | База данных |
| PubChem | База данных, доступная через Интернет, База данных, Сервисный ресурс, Репозиторий данных, 3D пространственное изображение |
| База данных Ki, программа скрининга психоактивных веществ | База данных, хранилище данных |
| База данных генома Pseudomonas | База данных, служба анализа данных |
| Протокол онлайн - справочник вашей лаборатории | Протокол эксперимента |
| PomBase | База данных, хранилище данных |
| ПолигенныйБлог | Блог |
| Блоги PLoS | Блог |
| Физиобанк | База данных |
| ФармГКБ | База данных, доступная через Интернет, База данных, Репозиторий данных, Веб-сервис, Набор данных |
| PDB | База данных, трехмерное пространственное изображение, веб-сервис, служба анализа данных, репозиторий данных |
| Оксфордский научный блог | Блог |
| Серия исследований изображений открытого доступа | Атлас, База данных |
| Листинг банка One Mind Biospecimen | Банк тканей, Репозиторий клеток, Банк мозга, Репозиторий данных |
| OMIM | База данных |
| База данных обонятельных рецепторов | База данных, служба анализа данных, репозиторий данных |
| База данных карт запахов обонятельных ламп (OdorMapDB) | Атлас, База данных |
| Сейчас в NEJM | Блог |
| Novus Biologicals | Поставщик антител, Производство биоматериалов, Материальный ресурс, Сервисный ресурс |
| NITRC-IR | Коллекция изображений, Репозиторий данных |
| NITRC | Портал построения сообщества, Репозиторий программного обеспечения |
| NIMH Программа химического синтеза и поставок лекарств | Производство реагентов, поставщик реагентов |
| NIH VideoCasting | Видеоресурс, Подкаст, Репозиторий данных |
| Консорциум NIH Neuroscience Microarray | Сервис анализа данных, База данных, Хранилище данных |
| Репозиторий генетических клеток человека NIGMS | Репозиторий клеток, репозиторий биопробы |
| Данные автоматического сканирования реестра NIF | Набор данных |
| Реестр NIF | База данных |
| Встроенный просмотр видео NIF | Видео ресурс |
| Просмотр интегрированного программного обеспечения NIF | Программный ресурс |
| Интегрированный просмотр подкастов NIF | Подкаст |
| Просмотр подключения к интегрированной нервной системе NIF | База данных |
| Интегрированная аннотация NIF, извлекаемая вручную | Набор данных |
| Интегрированные задания NIF | Ресурс вакансии |
| Интегрированное взаимодействие генов NIF | База данных |
| Интегрированный просмотр болезней NIF | База данных |
| Комплексные клинические испытания NIF | База данных |
| Интегрированный просмотр экспрессии генов мозга NIF | База данных |
| Интегрированные блоги NIF | Блог, Повествовательный ресурс |
| Встроенная автоматически извлекаемая аннотация NIF | Набор данных |
| Интегрированный просмотр животных NIF | Поставщик организмов |
| Нью-Йорк Таймс - Ну | Блог |
| Новые вакансии для ученых | Ресурс вакансии, Ресурс постдокторской программы |
| Нейроскептик | Блог |
| NeuroPod | Подкаст |
| NeuronDB | База данных, служба анализа данных |
| NeuroMorpho.Org | Репозиторий данных, База данных, Коллекция изображений |
| НейроМаб | Поставщик антител |
| Подкаст о неврологии | Подкаст |
| Нейрофед | Ресурс людей |
| нейроэлектро | База данных |
| Neurodatabase.org | База данных, хранилище данных |
| NCBI белок | База данных |
| NCBI Gene | База данных, доступная через Интернет, База данных |
| NCBI | Репозиторий данных, ПО для анализа данных |
| Природа | Ресурс вакансии, Повествовательный ресурс |
| Подкаст о природе | Подкаст |
| Блоги Nature Network | Блог |
| Естественно выбранный | Блог |
| Таблицы стволовых клеток Национального института здоровья | Набор данных |
| Инструмент для составления онлайн-отчетов о портфолио национальных институтов здравоохранения | База данных |
| Подкасты Национальной академии наук | Подкаст |
| MPO | Онтология |
| Трансгены информатики генома мыши | Полуструктурированные знания |
| Монстр | Ресурс вакансии |
| МодельDB | Программное обеспечение для моделирования, База данных, Репозиторий данных, Исходный код |
| Подкасты MNI | Подкаст |
| Взломы разума | Блог, Книга |
| MGI | База данных, хранилище данных |
| LabSpaces | Повествовательный ресурс, Блог, Портал построения сообщества, Экспериментальный протокол |
| Набор данных болезни Кавасаки 2 | Набор данных |
| Набор данных болезни Кавасаки1 | Набор данных |
| Журнал визуализированных экспериментов | Журнал, Видеоресурс, Протокол экспериментов |
| Журнал сравнительной неврологической базы данных антител | База данных |
| jobs.ac.uk | Ресурс вакансии |
| JCVI CMR | База данных, служба анализа данных |
| Набор данных IXI | Набор данных, Коллекция изображений |
| Это займет 30 | Блог, Вакансии |
| База данных объема мозга в Интернете | База данных, веб-сервис, служба анализа данных |
| Международный ресурс по штаммам мышей | Поставщик организмов, Хранилище данных |
| На самом деле | Ресурс вакансии |
| База данных иммунных эпитопов и ресурсы для анализа | База данных, служба анализа данных, веб-служба |
| Атлас человеческого мозга | Атлас, Видеоресурс, Учебный ресурс |
| HomoloGene | База данных, доступная через Интернет, База данных, Сервисный ресурс |
| Health.Data.gov | База данных, Программный ресурс, Структурированные знания |
| Сена | Ресурс вакансии, Ресурс службы |
| H2SO4Боли | Блог |
| Серые вопросы | Подкаст, Повествовательный ресурс |
| Grants.gov | Ресурс финансирования |
| Gramene | База данных, веб-сервис, служба анализа данных |
| goКогнитивный | Учебные материалы, Видеоресурсы, Провайдер оценочных тестов |
| ИДТИ | Онтология, Международная стандартная спецификация, База данных, Репозиторий данных |
| Архив ответов клубочковой активности | База данных, сбор изображений, служба анализа данных |
| GENSAT - Атлас нервной системы экспрессии генов | Атлас, Поставщик организмов, Производство биоматериалов, Ресурс поставки биоматериалов |
| Распакованные геномы | Блог, Набор данных, Исходный код |
| Программное обеспечение для генетического анализа | Набор данных, Программный ресурс, Программный репозиторий |
| GeneNetwork | База данных, хранилище данных |
| GeneDB Tbrucei | База данных, служба анализа данных |
| GeneDB Pfalciparum | База данных |
| GeneDB Lmajor | База данных, служба анализа данных |
| Джин Уивер | База данных, доступная через Интернет, Служба анализа данных, Репозиторий данных |
| Инструменты генной онтологии | Набор данных, Репозиторий ПО, Реестр |
| Омнибус экспрессии генов | База данных, Репозиторий данных, Сервисный ресурс, Набор данных |
| Джемма | База данных, ПО для обработки данных, Репозиторий данных |
| Походка при болезни Паркинсона | База данных |
| Динамика походки в базе данных нейродегенеративных заболеваний | База данных, база данных, доступная через Интернет |
| FLYBASE | База данных, репозиторий данных, портал, связанный с организмом, служба анализа данных |
| Плакаты F1000 | Ресурс службы хранилища, ресурс описания, ресурс службы анализа |
| Атлас экспрессии мартышки | Набор данных, Атлас выражений |
| Реестр клинических испытаний ЕС | База данных |
| База ЭЭГ | Хранилище данных, База данных |
| EcoCyc | База данных |
| DrugBank | База данных |
| База данных генов, связанных с лекарствами | База данных, хранилище данных |
| Индекс расстройств от Национального института неврологических расстройств и инсульта (NINDS) | Набор данных |
| Откройте для себя журнал | Повествовательный ресурс, Блог, Подкаст, Коллекция изображений |
| ДИСКОТЕКА | Программный ресурс, Сервисный ресурс |
| DictyBase | База данных, репозиторий биологических образцов |
| Смелые ядерные приключения - genegeek | Блог |
| CRCNS | Набор данных, Репозиторий данных, Ресурс финансирования |
| База данных сравнительной токсикогеномики | База данных, служба анализа данных |
| CoCoMac (сопоставление данных о подключениях в мозге макаки) | База данных, ПО для визуализации данных, Репозиторий данных, Библиография |
| Clinicaltrials.gov: Служба национальных институтов здравоохранения | База данных, хранилище данных |
| Обмен данными Сети клинических испытаний (CTN) | Набор данных |
| ChEMBLdb | База данных, доступная через Интернет, База данных |
| ЧЕБИ | База данных, Онтология |
| Платформа мозжечка | База данных, репозиторий программного обеспечения, репозиторий данных, программное обеспечение для анализа данных |
| ЦЕНТРАЛЬНАЯ НАУКА | Блог |
| База данных, центрированная по ячейкам | База данных, репозиторий данных, коллекция изображений |
| Слезы Кассандры | Блог |
| База данных генома Candida | База данных, репозиторий данных, служба анализа данных |
| Центр генетики Caenorhabditis | Поставщик организмов, Репозиторий биологических образцов, Стандартная спецификация, Репозиторий клеток |
| База данных Бреде | База данных, служба анализа данных |
| BrainSpan: экзоны RNA-Seq, обобщенные в гены | Атлас выражений |
| BrainSpan: экзоны RNA-Seq | Атлас выражений |
| BrainSpan: микроматрица экзонов, объединенная в наборы зондов | Атлас выражений |
| BrainSpan: микромассив экзонов, обобщенный до генов | Атлас выражений |
| BrainPod | Подкаст |
| BrainMaps.org: Атласы мозга высокого разрешения | Атлас, Служба анализа данных |
| BrainInfo | Атлас, База данных, Тематический портал, Стандартная спецификация |
| Подкаст Brain Science | Подкаст, Повествовательный ресурс |
| Система управления архитектурой мозга | База данных, онтология, репозиторий данных |
| Платформа BMI (интерфейс мозговой машины) | Репозиторий данных, База данных, Библиография, Репозиторий программного обеспечения |
| Фондовый центр Bloomington Drosophila | Поставщик организмов, хранилище материалов |
| Биопортфолио | Повествовательный ресурс, Блог, Ресурс вакансии, База данных, Портал |
| БиоНОТ | База данных |
| Биоинтерактивный | Учебный ресурс, Видеоресурс, Подкаст, Учебный материал |
| BioGRID | База данных, веб-сервис, программный ресурс, репозиторий данных |
| Biocompare | База данных, поставщик антител |
| Консорциум бета-клеточной биологии | База данных, поставщик реагентов |
| Вложенные области БАМС | База данных |
| Связь с BAMS | База данных |
| БАМС клетки | База данных |
| База данных схем мозга птиц | Набор данных с пространственной привязкой, Репозиторий данных, Изображение |
| ASPGD | База данных, репозиторий данных, служба анализа данных |
| Срочно | База данных, репозиторий данных, служба анализа данных |
| Реестр антител | База данных |
| AmiGO | Программное приложение, база данных, служба анализа данных |
| Подкасты Американского журнала психиатрии | Подкаст |
| Атлас связности мозга Аллена Мауса | Набор данных с пространственной привязкой |
| Атлас мозга Аллена Мауса | Атлас, База данных |
| Все в уме | Подкаст |
| База данных генов старения и вмешательств | База данных, хранилище данных |
| Addgene | Тематический портал, Репозиторий биологических образцов, Ресурсы по поставкам биоматериалов |
| Access-ScienceJobs.co.uk | Ресурс вакансии, Повествовательный ресурс |
| Леди-ученый | Блог |
| 60-секундный разум | Подкаст |
Данные через веб-службы
Идея NIF заключается в том, что, хотя научные базы данных действительно имеют множество интерфейсов, некоторые из которых довольно сложные, должен существовать единый способ их просмотра и поиска. Эта идея унифицированного поиска была распространена на службы, чтобы разработчики могли воспользоваться преимуществами работы, проделанной в NIF, для улучшения своих приложений путем получения доступа ко всем данным, доступным через интерфейс NIF.
Когда данные становятся общедоступными через NIF, они также сразу становятся доступными через веб-службы. Эти веб-службы RESTful можно рассматривать как функции программирования, которые можно встроить в другие приложения. В настоящее время данные можно запрашивать и извлекать в виде XML-канала, и несколько других сайтов теперь извлекают данные NIF через службы, включая DOMEO и Eagle i. Разработчики могут узнать, как получить доступ к данным, просмотрев файл WADL, доступный по адресу http://neuinfo.org/developers.
Ниже приведены некоторые общедоступные службы RESTful, к которым студенты могут получить доступ или которые могут использоваться при создании приложений:
- Аннотируйте любой текст, используя этот URL:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true
URL-адрес содержит текст, который вы хотите аннотировать, входные данные: «Мозжечок - замечательная вещь». Чтобы изменить это, вы можете попробовать использовать любой другой текст. Выходные данные службы вернут предложение с тегом SPAN, обозначающим, что он распознал термин мозжечок и что это тип anatomical_structure. Неопознанные термины возвращаются без тегов span. Обратите внимание, что параметр longestOnly = true является необязательным, это означает, что будет распознаваться только самый длинный набор терминов, и в этом примере это не имеет значения, но в терминах, таких как нейрон гиппокампа, он вернет только один ответ.
Разработчики могут использовать теги span для получения информации о распознанном термине, поскольку идентификатор является уникальным и связан с определениями, синонимами, другими областями мозга и в некоторых случаях изображениями: для удобочитаемой версии см.
* http://neurolex.org/wiki/Birnlex_1489
Машиночитаемую версию см.
* http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true
- Получить подсказки автозаполнения нейробиологии, например,
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu
В приведенном выше примере показано завершение термина для «гиппокампа», но вы можете попробовать ввести в URL-адрес любой другой набор букв. Возврат службы - это набор терминов, соответствующих этой строке, включая: Гиппокамп и многие клетки гиппокампа.
- Получите элементы реестра, соответствующие поисковому запросу:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame
Реестр NIF является источником данных, и эта служба возвращает все элементы реестра, соответствующие определенному запросу. В данном случае используется термин миам, как в стандарте миам. Чтобы использовать эту функцию извлечения данных, вы можете ввести термины запроса в конец этого URL-адреса в дополнение к термину miame или вместо него. Это будет работать так же, как при вводе ваших терминов в поле поиска здесь:
* https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry
Обратите внимание: обязательно ознакомьтесь с условиями для любого источника данных, условия и положения доступны в качестве любезности в NIF, но вы также можете проверить отдельные источники, которые вы хотите включить в свои приложения, все вышеописанное данные принадлежат NIF и защищены лицензией Creative Commons Attribution, поэтому их можно свободно распространять и совместно использовать.