Nucleocytoviricota -Nucleocytoviricota

Nucleocytoviricota
Классификация вирусов е
(без рейтинга): Вирус
Царство : Вариднавирия
Королевство: Bamfordvirae
Тип: Nucleocytoviricota
Классы

См. Текст

Синонимы

Мегавиралес

Nucleocytoviricota - это тип вирусов . Члены этого типа также известны как нуклеоцитоплазматические большие ДНК-вирусы ( NCLDV ), которые служат основой названия типа с суффиксом - viricota для типа вируса. Эти вирусы называют нуклеоцитоплазматическими, потому что они часто способны реплицироваться как в ядре клетки- хозяина, таки в цитоплазме .

Тип известен тем, что содержит гигантские вирусы . Существует девять семейств NCLDV, которые все обладают определенными геномными и структурными характеристиками; однако неясно, имеют ли сходства разных семейств этой группы общего вирусного предка. Одной из особенностей этой группы является большим геномом и наличие многих генов , участвующих в репарации ДНК , репликации ДНК , транскрипции и трансляции . Обычно вирусы с меньшими геномами не содержат генов этих процессов. Большинство вирусов этого семейства также реплицируются как в ядре, так и в цитоплазме хозяина, отсюда и название нуклеоцитоплазматических.

В настоящее время известно 47 основных генов NCLDV. К ним относятся четыре ключевых белка, участвующих в репликации и репарации ДНК: ферменты семейства ДНК-полимеразы B, топоизомераза II A, эндонуклеаза FLAP и ядерный антиген процессингового фактора пролиферирующих клеток . Другие белки включают ДНК-зависимую РНК-полимеразу II и фактор транскрипции II B.

Таксономия

Распознаются следующие классы, под которыми находятся заказы, содержащие семейства, упомянутые в этой статье:

Нераспознанные семейства заключены в скобки и помещены в наиболее вероятное место.

Хосты

Организмы-хозяева обычно включают простейшие , беспозвоночные и эукариотические водоросли .

Филогенетическое дерево филума Nucleocytoviricota на основе Subramaniam et al. (2020).

Примеры

Ascoviridae

Заказать Pimascovirales . Члены семейства Ascoviridae бывают разных форм. Некоторые могут иметь форму стержня, а другие - овальной формы. Их размеры составляют до 130 нм в ширину и до 400 нм в длину. Эти вирусы имеют кольцевую двухцепочечную ДНК длиной около 100–200 пар нуклеотидов. Они заражают личинок чешуекрылых насекомых и могут заразиться через паразитоидных ос. После заражения они размножаются и вызывают смерть насекомых-вредителей. Это позволяет им контролировать популяции насекомых. В геноме Ascoviridae может быть до 180 генов. Репликация этого вируса происходит в ядре клетки-хозяина. Когда он реплицируется, ядро ​​увеличивается в размерах и, в конечном итоге, лопается. После этого вирион начинает формироваться и распространяться.

Asfarviridae

Заказать Asfuvirales . Член семейства Asfarviridae известен как асфарвирус. Этот вирус является причиной африканской чумы свиней. Некоторые из симптомов этого гриппа включают жар, учащенный пульс, учащенное дыхание и могут привести к смерти. Эти симптомы могут быть похожи на симптомы холеры свиней, разница в том, что африканский свиной грипп не лечится. Для борьбы с этим вирусом не существует вакцины.

Иридовирусы

Заказать Pimascovirales . Iridoviridae имеет линейный двухцепочечные геном ДНК длиной до 220 тысяч пара нуклеотидов и могут кодировать в течение примерно 211 белков. Капсид этого вириона имеет форму икосаэдра и может достигать 350 нм в ширину. Цикл репликации этого вируса начинается в ядре хозяина и заканчивается в цитоплазме. Некоторые вирусы этого семейства часто встречаются у земноводных, а другие - у насекомых и ракообразных.

Marseilleviridae

Заказать Pimascovirales . В Marseilleviridae вирусы двухцепочечной ДНК геномов, которые около 368 т.п.н. долго. Члены семейства могут иметь в своем геноме около 457 открытых рамок считывания (ORF). Организмы-хозяева - амебы . После заражения вирусная репликация происходит на вирусных фабриках в цитоплазме. Было обнаружено, что геном семейства Marseilleviridae кодирует около 28 различных белков. Капсид марсельлевируса имеет ширину около 250 нм и имеет форму икосаэдра. Репликация этого вируса обычно происходит вблизи ядра после заражения амебы. После заражения вирус может вызвать изменение формы ядра хозяина.

Mimiviridae

Заказать Imitervirales . Megaviridae содержит некоторые из самых больших когда - либо обнаруженных вирусов. У них есть линейные геномы двухцепочечной ДНК длиной 1259197 пар оснований, что больше, чем у некоторых мелких бактерий. В этом геноме закодировано 1100 белков. 74,76% пар оснований представлены тимином и аденином. Megaviridae вирус может быть найден , заражающий Acanthamoeba или других протозойных клады. Как только вирус заражает хозяина, в цитоплазме происходит цикл репликации. В геноме можно найти ферменты репарации ДНК. Они используются, когда ДНК повреждена, например, когда она подвергается воздействию ионизирующего излучения или ультрафиолетового света.

Традиционно только эти вирусы были отнесены к семейству Mimiviridae . Позже выяснилось, что вирусы группы Phycodna Organic Lake (OLPG) больше связаны с мимивирусами, чем с фикоднавирусами . По этой причине было предложено добавить их к унаследованным Mimiviridae в качестве нового подсемейства Mesomimivirinae , чтобы сформировать более полное семейство Megaviridae . По этой причине термин Mimiviridae использовали зепзи Лято синонимом Megaviridae . Однако, поскольку ICTV создал новый отряд Imitervirales, официально содержащий (унаследованных) Mimiviridae , предлагаемые Mesomimivirinae предлагается модернизировать как новое семейство Mesomimiviridae , т.е. е. как сестринское семейство унаследованных Mimiviridae (в рамках этого порядка).

Pandoraviridae

Возможно заказать Альгавиралес . Pandoraviridae Обнаружены в 2013 году в пробе прибрежной воды в Чили. В основном он заражает амебы. Он имеет длину 1 микрометр и ширину 0,5 микрометра. Его геном может иметь длину до 2,5 миллионов пар оснований. Репликация этого вируса происходит в цитоплазме. Как и другие гигантские вирусы, он поражает ядро ​​хозяина и может занять до 15 часов, чтобы начать заражение. Хотя он содержится в воде, он не влияет на людей, но может помочь нам, увеличивая производство кислорода в водной среде. 

Phycodnaviridae

Заказать Альгавиралес . Phycodnaviridae являются икосаэдрической формой с двухцепочечной молекулой ДНК. Некоторые члены этого семейства могут иметь линейную двухцепочечную ДНК, в то время как другие имеют кольцевую двухцепочечную ДНК. Было обнаружено, что геном имеет длину до 560 килобаз. До 50% ДНК может быть представлено гуанином или цитозином. Известно, что этот вирус поражает водоросли, а это значит, что он обитает в океане.

Pithoviridae

Возможно заказать Pimascovirales . У Pithoviridae есть только два известных представителя. Эти вирусы поражают амебы и могут выжить при низких температурах. В течение многих лет этот вирус считался замороженным, но из-за изменения климата он снова начал появляться. Это двухцепочечный ДНК-вирус размером 610 килобаз. По оценкам, геном кодирует 476 открытых рамок считывания. Вирон имеет форму стержня длиной 1100 нм и диаметром 500 нм.

Поксвириды

Заказать Читовиралес . Poxviridae имеет линейную двухцепочечную молекулу ДНК , которая может иметь длину до 230 т.п.н.. Репликация этих вирусов происходит в цитоплазме. К этому семейству относятся вирусы оспы , коровьей оспы и другие вирусы оспы . 

Мининуклеовирусы

Карты генома вирусов ракообразных PaV1, DhV1 и CmV1 (предложенное семейство Mininucleoviridae ).

Возможно заказать Pimascovirales . Было предложено новое семейство - Mininucleoviridae - для семейства крупных вирусов, размножающихся в ракообразных. Члены этого предложенного семейства включают вирус Carcinus maenas 1 (CmV1), вирус Dikerogammarus haemobaphes 1 (DhV1) и вирус Panulirus argus 1 (PaV1).

Неклассифицированные таксоны

  • Cedratvirus - теперь под Pithoviridae ( Pimascovirales )
  • Хоановирус - часть расширенных Mimiviridae , клада, отличная от собственно Mimiviridae ; ( Imitervirales )
  • Dinodnavirus - возможнопод Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Faustovirus - теперь под Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Kaumoebavirus - кластеры под Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Medusavirus - предполагается, что это отдельное семейство Medusaviridae , возможно, близкое к Mollivirus или базальное в Nucleocytoviricota.
  • Meelsvirus  - последовательности отсутствуют
  • Mollivirus - близко к Pandoravirus ( Algavirales )
  • Вирус Намао - (вместе с Faunusvirus sp. Из метагеномики), близкий к Cafeteriavirus ; возможно вместе с другими Sturgeon-NCLDV; ( Imitervirales )
  • Орфеовирус - вероятно, относится к Pithoviridae ; сестринская группа по Cedratvirus ( Pimascovirales )
  • Pacmanvirus - вероятнопод Asfarviridae ( Asfuvirales )
  • Platanovirus - аналогично мегавирус или Tupanvirus ( Imitervirales )
  • Sissivirus и Misannotatedvirus - (вместе с Solumnvirus , Solivirus из метагеномики), возможно, под Pithoviridae
  • Тупанвирус - возможно, под Mimiviridae ( Imitervirales )
  • Урцеоловирус - возможно, под Nucleocytoviricota
  • Usurpativirus и Clandestinovirus - клад, возможно, под Phyvodnaviridae, рядом с Chlorovirus ( Algavirales )
  • Yasminevirus - близок к вирусу Klosneuvirus и Bodo saltans ; (вместе с Gaeavirus , Homavirus , Barrevirus , Fadolivirus , Dasosvirus , Edafovirus , Terrestrivirus , Harvfovirus , Hyperionvirus из метагеномики) члены Mimiviridae ( Imitervirales )

Филогенетика

По общему мнению, Iridoviridae - Ascoviridae - близкородственные сестринские таксоны клады. Pithovirus , Iridoviridae - Ascoviridae и Marseillevirus образуют кладу PIM или MAPI ( Pimascovirales ) на деревьях, построенных из консервативных белков. Сестринская клада PIM / MAPI представляет собой кладу, состоящую из Algavirales ( Phycodnaviridae , Pandoraviridae ) и, возможно, Imitervirales / Mimiviridae (далее «P2»). Poxviridae всегда рассматривается как базальная ветвь. Asfarviridae является либо сестринской группой Poxviridae (объединяющей Pokkesviricetes ), либо членом клады P2. Классификация ICTV по состоянию на 2019 год соответствует общей форме дерева.

Происхождение NCLDVs может предшествовать происхождению их эукариотических хозяев, судя по их структурам РНК-полимеразы .

Смотрите также

Примечания

использованная литература

внешние ссылки