Глобальная экспедиция по отбору проб океана - Global Ocean Sampling Expedition
Глобальная Sampling экспедиция океана (ГСН) является освоение океана генома проекта , целью которого является оценка генетического разнообразия в морских микробных сообществ и понять их роль в фундаментальных процессах природы. Он был начат как пилотный проект по отбору проб Саргассова моря в августе 2003 г .; Крейг Вентер объявил о полной экспедиции 4 марта 2004 года. Двухлетнее путешествие, в котором использовалась личная яхта Крейга Вентера, началось в Галифаксе , Канада , обогнуло земной шар и закончилось в США в январе 2006 года. Экспедиция взяла пробы воды в Галифаксе , Новая Зеландия. От Шотландии до восточной части тропического Тихого океана . В 2007 г. отбор проб продолжался вдоль западного побережья Северной Америки.
Анализ данных
Наборы данных ГСН были представлены как NCBI и сообщества киберинфраструктуры для Advanced Marine микробной экологии исследований и анализа (CAMERA), новый интернет - ресурс для морских метагеномика финансируемых Гордон и Бетти Мур фонда , разработанного JCVI и организовано UC Сан - Диего «с Отделение Калифорнийского института телекоммуникаций и информационных технологий (Calit2). Набор инструментов CAMERA был разработан JCVI и отражает инструменты, использованные при первоначальной публикации наборов данных GOS.
Финансирование
Работа над Sorcerer II финансировалась:
- Фонд Гордона и Бетти Мур ( секвенирование и анализ)
- Министерство энергетики США , Управление по науке (секвенирование и анализ)
- Институт Дж. Крейга Вентера (эксплуатация судов)
- Фонд Мура, семилетний, 24,5 миллиона долларов, грант ( КАМЕРА )
Судно
| История | |
|---|---|
| Имя | Колдун II |
| Строитель | Куксон |
| Запущен | 1998 г. |
| Девиз | - |
| Общие характеристики | |
| Длина | 28,95 м (95,0 футов) |
| Луч | 7,08 м (23,2 футов) |
| Проект | 2,84 м (9 футов 4 дюйма) |
| Движение | Один Cummins 300 л.с. |
95-футовый шлюп Sorcerer II завершил двухлетнюю научную экспедицию, облетев земной шар в средних широтах, собирая образцы микробов в морской воде для генетического секвенирования и каталогизации. Она была спроектирована как не просто круизная яхта по всему миру, но и способная выдерживать экстремальные условия в широтах, от экваториальной жары и влажности до широт от 60 до 70 градусов. Конструкция SORCERER II легкая для рабочих характеристик, но очень прочная, с ее ламинатом из кевлара и стекла E, эпоксидной связкой и тщательно подобранными материалами сердцевины.
Судно было спроектировано German Frers и вмещает 2400 литров (630 галлонов США) воды.
Публикации
Ниже приводится список официальных публикаций проекта и Института Дж. Крейга Вентера .
- Venter, JC ; Ремингтон, К; Гейдельберг, JF; Halpern, AL; Rusch, D; Eisen, JA; Ву, Д; Паулсен, я; и другие. (2 апреля 2004 г.). «Экологическое секвенирование генома из дробовика Саргассова моря». Наука . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Американская ассоциация развития науки . 304 (5667): 66–74. Bibcode : 2004Sci ... 304 ... 66V . DOI : 10.1126 / science.1093857 . ISSN 0193-4511 . PMID 15001713 . S2CID 1454587 .
- Юзеф, S; Саттон, Дж; Руш, ДБ; Halpern, AL; Уильямсон, SJ; Ремингтон, К; Eisen, JA; Гейдельберг, КБ; и другие. (13 марта 2007 г.). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: расширение вселенной белковых семейств» . PLOS Биология . США: Публичная научная библиотека . 5 (3): e16. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0050016 . ISSN 1544-9173 . PMC 1821046 . PMID 17355171 .
- Каннан, N; Тейлор, СС; Чжай, Й; Venter, JC ; Мэннинг, Г. (13 марта 2007 г.). «Структурное и функциональное разнообразие микробного кинома» . PLOS Биология . США: Публичная научная библиотека . 5 (3): e17. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0050017 . ISSN 1544-9173 . PMC 1821047 . PMID 17355172 .
- Руш, ДБ; Halpern, AL; Саттон, Дж; Гейдельберг, КБ; Уильямсон, S; Юзеф, S; Ву, Д; Eisen, JA; и другие. (13 марта 2007 г.). "Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: Северо-Западная Атлантика через Восточную тропическую часть Тихого океана" . PLOS Биология . США: Публичная научная библиотека . 5 (3): e77. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0050077 . ISSN 1544-9173 . PMC 1821060 . PMID 17355176 .
- Ютин, Н; Suzuki, MT; Teeling, H; Вебер, М; Venter, JC ; Руш, ДБ; Бежа, О (1 июня 2007 г.). «Оценка разнообразия и биогеографии аэробных аноксигенных фототрофных бактерий в поверхностных водах Атлантического и Тихого океанов с использованием метагеномов экспедиции по отбору проб глобального океана» (PDF) . Экологическая микробиология . Англия: Blackwell Science . 9 (6): 1464–75. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2007.01265.x . ISSN 1462-2912 . PMID 17504484 .
- Шарон, я; Цахор, S; Уильямсон, S; Шмоиш, М; Ман-Ахаронович, Д; Руш, ДБ; Юзеф, S; Zeidner, G; и другие. (1 октября 2007 г.). «Гены и транскрипты вирусного фотосинтетического реакционного центра в морской среде» . Журнал ISME . Англия: Издательская группа Nature . 1 (6): 492–501. DOI : 10.1038 / ismej.2007.67 . ISSN 1751-7362 . PMID 18043651 .
- Уильямсон, SJ; Руш, ДБ; Юзеф, S; Halpern, AL; Гейдельберг, КБ; Glass, JI; Эндрюс-Пфаннкоч, C; Фадрош, Д; и другие. (23 января 2008 г.). Холл, Нил (ред.). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: метагеномная характеристика вирусов в образцах водных микробов» . PLoS ONE . США: Публичная научная библиотека . 3 (1): e1456. Bibcode : 2008PLoSO ... 3.1456W . DOI : 10.1371 / journal.pone.0001456 . ISSN 1932-6203 . PMC 2186209 . PMID 18213365 .
- Шоу, АК; Halpern, AL; Бисон, К; Тран, Б; Venter, JC ; Мартини, JBH (10 сентября 2008 г.). «Все относительно: ранжирование разнообразия водных бактериальных сообществ». Экологическая микробиология . Англия: Blackwell Science . 10 (9): 2200–10. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2008.01626.x . ISSN 1462-2912 . PMID 18637951 .
Смотрите также
Примечания
