Хордовые геномики - Chordate genomics
Геномика хордовых - это исследование эволюции клады хордовых, основанное на сравнении геномов нескольких видов внутри клады. Поле зависит от данных всего генома (всей последовательности ДНК ) организмов. Он использует сравнения блоков синтении , транслокации хромосом и других геномных перестроек для определения эволюционной истории клады и для реконструкции генома вида-основателя.
Полученные результаты
Филогения
Глубокое ветвление хордовой филогении было выяснено с помощью хордовой геномики. Геномика хордовых демонстрирует, что ланцетники являются самой основной живой кладой в пределах хордовых, в то время как оболочники являются сестринской кладой черепных .
Synteny
Сравнение геномов Lancelet Branchiostoma floridae , рыбы , курицы Gallus gallus и человека Homo sapiens выявило обширную макросинтению с незначительной микросинтенией или ее отсутствие. То есть в кладе хордовых одни и те же гены находятся в кластерах рядом друг с другом, хотя порядок генов в кластерах был перетасован. В геноме человека имеется 135 идентифицируемых сегментов, которые сохраняют синтению с наследственным хордовым кариотипом .
Анализ синтении показывает, что у последнего общего предка хордовых было 17 хромосом.
Дублирование генома
Многочисленные экспериментальные данные убедительно свидетельствуют о том, что дважды в линии, ведущей к костистым рыбам, был продублирован геном предковых хордовых. Сравнение геномов ланцетника Branchiostoma floridae , тем оболочники Ciona интестиналис и Oikopleura двудомной , то миноги Petromyzon MARINUS , что рыба Fugu rubripes и трехиглой Aculeatus , с курицей Gallus Gallus и человека хомо сапиенс подтвердил , что два целого генома дупликации происходили в ранняя история клады позвоночных .
Ссылки
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Анализ генов миноги и миксины показывает сложную историю дупликаций генов во время ранней эволюции позвоночных». H. Excriva, et al. , Мол. Биол. Evol. 19, 1440–1450 (2002).
- ^ "Дупликация генома у рыб-телесоста Tetraodon nigroviridis показывает ранний протокариотип позвоночных". O. Jaillon, et al. , Nature 431, 946-957 (2004)
- ^ «Новые доказательства дупликаций по всему геному в происхождении позвоночных с использованием набора генов амфиоксуса и завершенных геномов животных». G. Panopoulou и др. Genome Res. 13, 1056-1066 (2003)
- ^ «Анализ генома фугу предоставляет доказательства дупликации всего генома на ранней стадии эволюции рыб с лучевыми плавниками». А. Кристоффелс и др. Мол. Биол. Evol. 21, 1146-1151 (2004)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
 |
Эта статья, посвященная хордовым, является незавершенной . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |
 |
Эта статья о генетике - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |