ЧЭМБЛ - ChEMBL

ЧЭМБЛ
Chembl logo.png
Содержание
Описание Биологическая база данных
Типы данных
захвачены		 Молекулы с лекарственными свойствами и биологической активностью
Контакт
Исследовательский центр Европейская лаборатория молекулярной биологии
Лаборатория Объединенное Королевство Европейский институт биоинформатики
Авторы Эндрю Лич, руководитель группы с 2016 года по настоящее время; Джон Оверингтон, руководитель группы, 2008-2015 гг.
Первичное цитирование PMID  21948594
Дата выхода 2009 г.
Доступ
Веб-сайт ЧЭМБЛ
Скачать URL Загрузки
URL-адрес веб-службы Веб-сервисы ChEMBL
Конечная точка Sparql Платформа ChEMBL EBI-RDF
Разное
Лицензия Данные ChEMBL доступны по непортированной лицензии Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0.
Управление версиями ЧЭМБЛ_28

ChEMBL или ChEMBLdb является куратором вручную химической базы данных из биологически активных молекул с лекарственно-подобными свойствами. Он поддерживается Европейским институтом биоинформатики (EBI), Европейской лабораторией молекулярной биологии ( EMBL ), базирующейся в Геномном кампусе Wellcome Trust , Хинкстон, Великобритания.

База данных, первоначально известная как StARlite, была разработана биотехнологической компанией Inpharmatica Ltd., позже приобретенной Galapagos NV . Данные были получены для EMBL в 2008 году с наградой Wellcome Trust , что привело к созданию группы хемогеномики ChEMBL в EMBL-EBI во главе с Джоном Оверингтоном.

Объем и доступ

База данных ChEMBL содержит данные о биологической активности соединений по отношению к мишеням для лекарств. Биоактивность указывается в Ki, Kd, ​​IC50 и EC50. Данные могут быть отфильтрованы и проанализированы для разработки библиотек для скрининга соединений для идентификации потенциальных клиентов во время открытия лекарств.

ChEMBL версии 2 (ChEMBL_02) был запущен в январе 2010 года и включает 2,4 миллиона измерений биоанализа, охватывающих 622 824 соединения, включая 24 000 натуральных продуктов. Это было получено в результате кураторства более 34 000 публикаций в двенадцати журналах по медицинской химии . Охват доступных данных по биоактивности ChEMBL стал «самым полным из когда-либо представленных в общедоступной базе данных». В октябре 2010 года был запущен ChEMBL версии 8 (ChEMBL_08), с более чем 2,97 миллиона измерений биопроб, охватывающих 636 269 соединений.

В ChEMBL_10 были добавлены подтверждающие анализы PubChem для интеграции данных, сопоставимых с типом и классом данных, содержащихся в ChEMBL.

Доступ к ChEMBLdb можно получить через веб-интерфейс или загрузить по протоколу передачи файлов . Он отформатирован таким образом, чтобы его можно было использовать для компьютерного анализа данных , и он пытается стандартизировать действия между различными публикациями, чтобы сделать возможным сравнительный анализ. ChEMBL также интегрирован в другие крупные химии ресурсов, в том числе PubChem и ChemSpider системы Королевского общества химии .

Связанные ресурсы

Помимо базы данных, группа ChEMBL разработала инструменты и ресурсы для интеллектуального анализа данных. К ним относятся Kinase SARfari, интегрированная рабочая среда хемогеномики, ориентированная на киназы . Система включает и связывает данные о последовательности, структуре, соединениях и скрининге .

GPCR SARfari - аналогичная рабочая среда, ориентированная на GPCR , а ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) - это хранилище данных первичного скрининга и медицинской химии в открытом доступе, направленных на эндемические тропические болезни развивающихся регионов Африки, Азии и Африки. Америка. Основная цель ChEMBL-NTD - обеспечить свободный доступ к постоянному архиву и распределительному центру для депонированных данных.

В июле 2012 г. была выпущена новая служба данных о малярии, заархивированная 30 июля 2016 г. на Wayback Machine , спонсируемая компанией Medicines for Malaria Venture ( MMV ) и ориентированная на исследователей по всему миру. Данные в этой службе включают соединения из набора для скрининга Malaria Box, а также другие предоставленные данные о малярии, найденные в ChEMBL-NTD.

myChEMBL , виртуальная машина ChEMBL, была выпущена в октябре 2013 года, чтобы предоставить пользователям доступ к полной, бесплатной и простой в установке инфраструктуре хеминформатики.

В декабре 2013 года операции с базой данных по патентной информатике SureChem были переданы в EMBL-EBI. В сумке SureChem был переименован в SureChEMBL.

В 2014 году был представлен новый ресурс ADME SARfari - инструмент для прогнозирования и сравнения межвидовых целей ADME.

Смотрите также

использованная литература

внешние ссылки