Ресурсные центры по биоинформатике - Bioinformatics Resource Centers

В Центры биоинформатики ресурсов ( БОКК ) представляют собой группу из пяти Интернет- исследовательских центров , созданных в 2004 году и финансируемых NIAID (в Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний .) В БОКК были сформированы в ответ на угрозы со стороны новых и вновь новые патогены , особенно патогены категорий A, B и C Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC), и их потенциальное использование в биотерроризме . Намерение NIAID в финансировании этих центров биоинформатики состоит в том, чтобы помочь исследователям, участвующим в экспериментальной характеристике таких патогенов и создании лекарств , вакцин или диагностических инструментов для борьбы с ними.

Основные цели BRC заключаются в следующем:

1) Создание всеобъемлющих баз данных надежных, актуальных биоинформатических данных ( генетических , протеомных , биохимических или микробиологических ), относящихся к интересующим патогенам;
2) Обеспечить исследователям легкий доступ к этим данным через пользовательские интерфейсы поиска и извлечения данных в Интернете ;
3) Обеспечить исследователей соответствующими современными вычислительными инструментами для биоинформатического анализа этих данных.

Пять BRC поддерживаются различными учреждениями, как государственными, так и частными, в США и Канаде . Каждый BRC фокусируется на отдельной группе патогенов.

Ресурсные центры по биоинформатике
имя Имя Acrono Участвующие организации Количество охваченных организмов Охваченные организмы (категория CDC)
Ресурсы базы данных эукариотических патогенов EuPathDB Пенсильванский университет

Университет Джорджии

45 в 13 родах Критидия (Другое)

Cryptosporidium (B)
Encephalitozoon (Group I)
Entamoeba (B)
Enterocytozoon (Group I)
Giardia (B)
Leishmania (Other)
Neospora (Other)
Plasmodium (Other)
Theileria (Other)
Toxoplasma (B)
Trichomonas (Other)
Trypanosoma (Other)

База данных исследований гриппа IRD Институт Дж. Крейга Вентера

Чикагский университет

1 Вирус гриппа (грипп) (C)
Центр интеграции ресурсов PathoSystems ПАТРИК Институт биоинформатики Вирджинии

Национальный центр анализа текста Чикагского университета

22 рода Бациллы (А)

Bartonella (группа I)
Borrelia (группа I)
Brucella (B)
Burkholderia (B)
Campylobacter (B)
Chlamydophila (B)
Clostridium (A)
Coxiella (B)
Ehrlichia (Group I)
Escherichia (B)
Francisella (A)
Helicobacter (Group) I)
Listeria (B)
Mycobacterium (C)
Rickettsia (B, C)
Salmonella (B)
Shigella (B)
Staphylococcus (B)
Vibrio (B)
Yersinia (A, B)
Другие бактерии

База данных и ресурсы для анализа вирусных патогенов ViPR Институт Дж. Крейга Вентера

Чикагский университет

13 семей Arenaviridae (А)

Bunyaviridae (А)
Filoviridae (А)
Flaviviridae (А)
Poxviridae (А)
Caliciviridae (В)
тогавирусы (В)
гепатит А вирус (В)
Coronaviridae (С)
Paramyxoviridae (С)
Lyssavirus (С)
Гепатит Е
герпесвирусов
Reoviridae

VectorBase VB Университет Нотр-Дам

Европейский институт биоинформатики,
Имперский колледж Лондона

30 Anopheles gambiae (Другое)

Виды Anopheles (x16) (Другое)
Aedes aegypti (Другое)
Biomphalaria glabrata (Другое)
Culex quinquefasciatus (Другое) Виды
Glossina (x5) (Другое)
Ixodes scapularis (Другое)
Lutzomyia longipalpis (Другое)
Musca domestica (Другое)
Pediculus humanus (Другое) )
Phlebotomus papatasi (Другое)

Патогенный портал никто Институт биоинформатики Вирджинии Данные для 13 видов:

Экспрессия генов , протеомика

Вакцина (другое)

Оспа (А)
Обезьяний (А)
коронавирус (С)
Brucella выкидыш (В)
Bacillus сибирской язва (А)
сальмонелла Typhimurium (В)
чумной палочке (А)
холерный вибрион (В)
Криптоспоридии parvum (В)
токсоплазме (B)
Homo сапиенс ( Другое)
Mus musculus (Другое)

Смотрите также

Рекомендации

внешние ссылки